Szennyezett genomadatok tisztítására alkalmas szoftvert fejlesztettek a Szegedi Biológiai Kutatóközpont (SZBK) munkatársai. A genomokhoz kapcsolódó eredményeikről a rangos Nature Communications folyóiratban számoltak be, közölte a HUN-REN Magyar Kutatási Hálózathoz tartozó intézmény honlapján.
Nagyszabású szekvenálási kezdeményezés a genomadatokhoz
A nagy áteresztőképességű szekvenálásban a közelmúltban elért technológiai fejlődés és a szekvenálási költségek zuhanása a genomszekvencia-adatbázisok soha nem látott mértékű növekedéséhez vezet. A közelmúltban számos
nagyszabású szekvenálási kezdeményezés indult azzal a céllal, hogy a rovarok, gerincesek, gombák, növények vagy végső soron a Föld teljes eukarióta (valódi sejtmaggal rendelkező) biodiverzitásának genomját feltérképezzék.
Különböző biológiai vagy technikai problémák miatt azonban a genomok olyan szekvenciákat is tartalmazhatnak, amelyek nem a célszervezethez tartoznak. A tartósított múzeumi vagy a metagenomikai – a természetes környezetből vett – mintákra támaszkodó projektek különösen érzékenyek a szennyeződésre - írja az MTI.
Ha nem fordítanak rá kellő figyelmet, a szennyezett referenciagenomok pontatlanul megjelölt szekvenciaadatokkal „mérgezik meg” a nyilvános adatbázisokat.
A nemzetközi együttműködéssel létrejött, Nagy László, az SZBK Biokémiai Intézet Szintetikus és Rendszerbiológiai Egységének csoportvezetője irányításával született publikáció az adatbázisokba tévesen feltöltött, idegen szekvenciákkal szennyezett genomadatok lehetséges következményeivel és a szennyezések kitisztításával foglalkozik.
Torzító hatásai is lehetnek
A szegedi kutatók egy olyan új számítógépes szoftvert készítettek, amely a korábbi megoldásokhoz képest lényegesen pontosabban azonosítja be és távolítja el a genomi adatokban megbúvó szennyeződéseket, még akkor is, ha az egy közeli rokon fajtól származik,
miközben az élőlények közötti tényleges genetikai információátadás, a horizontálisan géntranszfer révén szerzett géneket érintetlenül hagyja.
A kutatók a 844 megvizsgált eukarióta genom több mint felében mutattak ki bizonyos mértékű szennyeződést, melyek döntő többsége baktériumokból származott. A szennyeződés néhány esetben akkora mértéket öltött, hogy a közzétett genomadatokból egy második élőlény közel teljes genomja rekonstruálható volt.
A publikáció részletes példákon keresztül illusztrálja, milyen torzító hatással vannak a szennyező szekvenciák azokra a kísérletekre, amelyek az egyedi géncsaládok, valamint az élőlények evolúciós történetét kívánják feltárni.
Az együttműködésben résztvevő kutatók remélik, hogy eredményeikkel sikerül felhívniuk a tudományos közösség figyelmét a genomi szennyeződések eltávolításának fontosságára, valamint hogy a kifejlesztett szekvenciatisztító-szoftver az általánosan elfogadott genomi elemzési munkafolyamatok részévé válhat.
Iratkozz fel a Kárpátinfo.net csatornáira: Facebook, Instagram, Twitter, Telegram, Google Hírek
Kövesse a Kárpátinfo.net oldalunkat: Facebook, Telegram, Twitter!
Legfrissebb híreink: Ukrajnai háború, Mozgósítás, Kárpátalja hírek, Ukrajna elnöke
A Hormuzi-szoros blokádja miatt az Európai Uniónak élelmiszerhiánnyal és jegyrendszer bevezetésével kell szembenéznie.
Csapást mértek az ukrán erők az orosz fekete-tengeri flotta Sztrileckij nevű hadihajóforgalom-irányító pontjára.
Felfegyverkezésével Oroszország a NATO-val való katonai konfrontációra készül − jelentette ki a német védelmi miniszter.
A harci járművek vásárlása egy egymilliárd eurós katonai segélyterv részeként valósul meg.
Csapon végső búcsút vettek a háborúban elesett Szerhij Pireutól.
Törökországban, az Ararát-hegy lábánál egy különös kőzetképződmény lapul a hegyoldalban, amely pontosan akkora, mint a Bibliában leírt Noé bárkája.
Új korszak a határátlépésben: az eCserha rendszer júniustól a személyautók számára is elérhető lesz.
A 380 évvel ezelőtt létrejött ungvári unió egyházi, szellemi és kulturális örökségéről tartottak konferenciát Beregszászon.
A megkezdett növényvédelmi munkákat folytatni kell, különös figyelemmel a gombás betegségekre és a kártevők elleni védekezésre, még termés hiányában is!
A csapásoknak halálos áldozataik is vannak, lakóházak rongálódtak meg, ipari, vasúti és kikötői infrastrukturális létesítményekben keletkeztek károk.
Forrás
MTI
